この調査は、全国の卸売・小売業を営む商業事業所（商店）を対象として、商業事業所の分布状況や販売活動等を把握して、商業の実態を明らかにすることを目的としています。経済産業省が所管し、昭和27年の第１回調査から昭和51年調査までは2年ごとに、平成9年までは3年ごとに、平成19年までは、5年ごとに本調査を実施し、その中間年（本調査の2年後）に簡易調査が実施されています。（平成14年・平成19年：本調査、平成11年・16年：簡易調査）
平成21年に経済センサスが創設されたことにより、商業統計の簡易調査は廃止され、調査の実施周期を経済センサス-活動調査の実施の2年後に変更されています。
平成26年商業統計調査は、総務省所管の「経済センサス-基礎調査」との同時実施が行われています。
【商業統計調査の廃止について】
商業統計調査は、「公的統計の整備に関する基本的な計画（平成３０年３月６日閣議決定）」における経済統計の体系的整備に関する要請に基づき、経済センサス-活動調査の中間年における経済構造統計の整備・充実を図るため、経済構造統計に統合・再編されることになりました。
これにより、商業統計調査は廃止され、新たに創設された「経済構造実態調査」に統合・再編されました。
経済構造実態調査は、製造業とサービス産業の付加価値等構造を明らかにし、国民経済計算（特にGDP統計）の精度向上等に資することを目的として、幅広い産業の売上・費用の構造を横断的に把握する調査で、基幹統計調査として2019年より実施しております。